El 29 de septiembre, en el partido correspondiente a la segunda jornada de la fase de grupos de la Liga Europa que le enfrentó al Rennes, Juanfran anotó su primer gol en competición europea con el Atlético de Madrid poniendo el definitivo empate a uno en el marcador. Fue jugando en ese puesto cuando el 9 de mayo de 2012 consiguió su primer título internacional proclamándose con su equipo campeón de la Liga Europa al vencer por 3 goles a 0 al Athletic Club.
