Además el equipo donostiarra tuvo también una destacada actuación en la, Copa del Generalísimo de fútbol 1941 en la que eliminó al Real Valladolid y al campeón de Liga, el Atlético Aviación, camiseta real madrid antes de caer eliminada frente al RCD Español en semifinales. Santa Cruz participó en la Copa Libertadores de ese año, donde el Club Olimpia, se enfrentaba en el Grupo 3 con Cerro Porteño, el eventual campeón Palmeiras y el Corinthians.
