Pero aún llegaba a la última fecha con posibilidades de obtener el título, para eso debía esperar que Santa Fe perdiera o empatara y ganar o empatar con mayor diferencia de goles ante el Atlético Bucaramanga lo que logró el equipo azul al golear 5-0 pero el Santa Fe hizo lo mismo en Barranquilla ante el Junior y ganó 3-2 lo que le quitó el título a Millonarios. Terminado el primer tiempo, Millonarios perdía 0-1 en Barranquilla y Nacional era el campeón ganando 1-0 en Bogotá. Millos consiguió en esa temporada su primer título. Después de cinco años y con el inicio del ciclo en la dirección técnica de su exarquero en la época del «Dorado», el médico Gabriel Ochoa Uribe, volvió a ser campeón en el Campeonato colombiano 1959, con la mejor defensa (solo 8 partidos perdidos) y un total de 58 puntos, seis más que el Independiente Medellín y 8 más que Deportivo Cali, sus más duros rivales durante la temporada. El año anterior el esfuerzo llegando a Semifinal de Copa Libertadores 1960 afecto al equipo, volvió a su mejor nivel en 1961 con una campaña aún mejor, de los 44 partidos, ganó 25, empató 12 y perdió 7, la mejor delantera con 95 tantos, recibió 56 y sumo 62 puntos, haciendo una enorme diferencia de 8 puntos ante su único perseguidor, el Independiente Medellín.
Alfredo Di Stéfano volvió a ser el máximo goleador con 19 tantos, uno más que Carlos Alberto Gambina del Junior. El más reciente título internacional oficial del club fue la Copa Merconorte 2001, torneo donde participaban algunos equipos de América del Norte y los considerados equipos más importantes de los países del norte de Suramérica, que se disputó durante cuatro años y Colombia con sus equipos tuvo el dominio total de la competencia. Para el equipo azul llegó el bicampeonato -primer equipo colombiano en lograrlo- tras vencer el Campeonato colombiano 1952. Nuevamente, Millonarios fue superior a los otros 14 equipos del campeonato. Con la llamada ‘‘Línea Brasileña’’ se consigue su segundo tricampeonato en línea (al lado de América, único equipo colombiano en hacerlo), Millonarios trae a José ‘‘Pepe’’ Romeiro Cardozo, el mejor jugador del Campeonato colombiano 1963, logra la mayor goleada de su historia el 7 de julio cuando golea al Deportes Tolima por 8-0. Santa Fe y Deportivo Cali lo acosaron hasta las últimas fechas pero no les alcanzó.
27 de mayo le aplicó una histórica paliza de 7-0. Se coronó campeón el 25 de noviembre a falta de tres fechas en un doblete ante Atlético Quindío al que le ganó 4-1 y al Olimpia de Paraguay al que venció por el mismo marcador y con su equipo de suplentes. Similar circunstancia se produjo en la última fecha del campeonato 1958 con un punto menos que su rival de patio Santa Fe que seria campeón esa temporada, pese a que había ganado y empatado más partido que el equipo rojo, también tenía más partidos perdidos. Para Solari será su primera prueba europea; para Vrba van más de 70, un dato que no es menor en un fútbol, el checo, que nada tiene que ver con el que el hoy técnico del Viktoria creció, el de Panenka y la Euro de 1976, el de los coletazos del gigante checoslovaco dos veces subcampeón del mundo.
Con una propuesta valiente se ganó la fama de entrenador ofensivo en un equipo que no sabía lo que era ganar y que bajo su dirección conquistó dos veces la Liga (2011 y 2013) y sumó a la primera Gambrinus (patrocinador del campeonato checo) la Copa. Lo único que debía hacer el equipo Azul era ganar frente al América de Cali lo que dejó a los azules en segundo lugar ese año tras perder con el equipo valluno en el estadio Pascual Guerrero 2-0 , mientras tanto Santa Fe ganaba por la mínima diferencia en El Campín ante Once Caldas. El América campeón 1996-97 ganó 14 partidos en forma consecutiva.con 91 puntos en 4 lugar 31 puntos, se ubicó primero en el grupo B con 12 puntos, más que su más cercano perseguidor Atlético Nacional, en el cuadrangular final derrotó al Deportivo Cali en Bogotá y perdió en Cali, perdió contra América de Cali en Cali y lo goleó de local 3 a 0, esa noche clasificó a la Copa Libertadores del año siguiente, frente a Atlético Nacional ganó en Bogotá y en Medellín, completando 4 victorias seguidas sobre el cuadro verdolaga en entre el cuadrangular semifinal y en el cuadrangular final, la última fecha llegó a visitar a Atlético Nacional con la posibilidad de salir campeón si en el clásico caleño América de Cali vencía y el cuadro embajador también ganaba, lo primero no ocurrió, a pesar de la victoria azul en territorio antioqueño y que hizo más puntos en la final en el marco de la celebración de los 50 años del equipo azul, la estrella fue para el cuadro azucarero, porque con la bonificación empataba en puntos y servía como criterio de desempate.
A comienzos de 1997 figuró en el segundo lugar en el ranking mundial de clubes de la Federación Internacional de Historia y Estadística de Fútbol IFFHS, con 261,5 ptos, superado tan solo por la Juventus de Italia, con 335 ptos. El fútbol está claro que es solamente un juego, pero su trastienda exhibe un auténtico mapa de los valores de la sociedad. En ese mismo año Millonarios disputó la tercera edición de la Copa Simón Bolívar 1972, este torneo internacional se jugó en 1973 debido a problemas entre la Federación Venezolana de Fútbol y el Instituto Nacional de Deportes, lo que provocó la desafiliación de Venezuela de la FIFA. Esa tarde Millonarios goleó 3-0 a los caleños pero en Medellín los verdolagas marcaron un gol faltando 10 minutos para el final lo que le bastó a Atlético Nacional para quitarle el título a Millonarios. Millonarios con nueve puntos ganó su título número 11 frente a su rival de plaza en Bogotá. Inició un invicto de 24 fechas sin perder, que fue récord hasta 1988. En este año también gana la Copa Colombia al vencer al Boca Juniors de Cali, equipacion real madrid 2019 su enconado rival del «Dorado» y además la Pequeña Copa del Mundo de Clubes disputada en Caracas.