La temporada 2010/11 y tras sufrir la categoría Primera Nacional «A» una gran reestructuración, el equipo consigue acabar en un meritorio 5º puesto y mantenerse una temporada más en una categoría que la Liga Nacional de Fútbol Sala quería semi-profesionalizar. Los tres tripulantes del Apolo 11 que viajaron a la Luna en 1969 llevaron cada uno un banderín de Independiente, y fueron nombrados socios del club.
